De Notion à Obsidian : fichiers texte, Git et agents IA

J’ai utilisé Notion pendant des années. Notes de travail, idées de projets perso, préparation de voyages, bouts de code à garder. Ça faisait le travail, mais à un moment, j’ai eu l’impression que ce n’était plus vraiment à moi.

Mes notes vivaient sur le serveur de quelqu’un d’autre. Les pages mettaient quelques secondes à s’ouvrir. Les fonctions IA dépendaient de l’abonnement et des modèles de Notion. Et en tant que développeur, je voulais sans cesse des choses impossibles : faire un grep sur mes notes, les versionner, les scripter.

Alors je suis passé à Obsidian. L’idée est simple : vos notes sont des fichiers Markdown dans un dossier sur votre disque. C’est tout. Pas de format propriétaire, pas d’enfermement. L’application est gratuite si vous vous passez de leur synchro payante, et l’écosystème de plugins est énorme.

Ce qui m’a vraiment convaincu, c’est tout ce que cette idée simple rend possible. Des fichiers texte, ça se versionne avec Git. Des fichiers texte, n’importe quel outil d’IA peut les lire, y compris les agents de code. Cet article parle de cette configuration.

D’abord, activer les plugins communautaires

L’essentiel des bonnes fonctionnalités vient des plugins, et ils sont désactivés par défaut.

1. Ouvrez les réglages (Cmd + , sur macOS, Ctrl + , ailleurs).
2. Allez dans Community plugins (Modules complémentaires) et désactivez le Restricted mode (mode restreint).
3. Cliquez sur Browse (Parcourir), trouvez un plugin, installez-le, puis cliquez sur Enable (Activer).

Les plugins sont développés par la communauté : vérifiez le dépôt GitHub et le nombre de téléchargements avant d’installer quoi que ce soit.

Synchroniser le vault avec Git

Obsidian propose un service de synchro payant, et il marche bien. J’ai choisi Git à la place : un dépôt GitHub privé ne coûte rien, et j’ai l’historique complet de chaque note. J’ai cassé quelque chose ? Je reviens en arrière. Curieux de ce que j’écrivais au printemps dernier ? git log.

Sur l’ordinateur

Transformez le vault en dépôt :

cd ~/path/to/vault
git init
git add .
git commit -m "Initial vault"
git branch -M main

Créez un dépôt privé et vide sur GitHub ou GitLab (sans README ni licence, sinon le premier push échoue), puis :

git remote add origin git@github.com:you/vault.git
git push -u origin main

Ajoutez un .gitignore pour que les fichiers propres à chaque appareil ne se battent pas entre l’ordinateur et le téléphone :

.obsidian/workspace.json
.obsidian/workspace-mobile.json
.trash/
.DS_Store

Installez ensuite le plugin Obsidian Git. Deux réglages comptent :

• Auto commit and sync interval : j’utilise 30 minutes. Assez fréquent pour ne jamais perdre grand-chose, assez espacé pour garder un historique lisible.
• Pull on startup : activé. Indispensable dès que vous utilisez plus d’un appareil.

À partir de là, le vault se commite et se pousse tout seul.

Sur le téléphone

Obsidian mobile ne sait pas utiliser SSH, il faut donc passer le remote en HTTPS :

git remote set-url origin https://github.com/you/vault.git

Sur GitHub, créez un fine-grained personal access token limité au dépôt du vault, avec lecture et écriture sur le contenu (Contents). Copiez-le tout de suite, vous ne le reverrez plus.

Compressez tout le vault en zip, y compris les dossiers cachés .git et .obsidian, et envoyez-le sur votre téléphone (AirDrop ou iCloud Drive sur iOS, LocalSend ou un câble sur Android). Décompressez-le, puis dans Obsidian :

1. Open folder as vault (Ouvrir un dossier comme coffre) et sélectionnez le dossier.
2. Faites confiance à l’auteur et activez les plugins. Les réglages suivent, puisqu’ils sont dans .obsidian.
3. Lancez Obsidian Git: Pull depuis la palette de commandes.
4. Entrez votre nom d’utilisateur GitHub et collez le token comme mot de passe.

Créez une note de test, lancez Commit all changes and push, et vérifiez qu’elle arrive sur votre ordinateur.

Soyons honnêtes : la documentation du plugin elle-même qualifie le support mobile d’instable. Sur téléphone, il ne peut pas exécuter le vrai Git, il utilise donc une implémentation en JavaScript qui devient lente, voire plante, sur les gros vaults. Ce qui aide : garder les pièces jointes lourdes hors du dépôt et, si une synchro bloque, ne stager que les fichiers modifiés. Pour un vault léger comme le mien, ça suffit largement.

L’IA dans Obsidian : Copilot

Le plugin Copilot ajoute un panneau de chat qui peut lire vos notes. Il prend en charge OpenAI, Anthropic, Google, OpenRouter et les modèles locaux via Ollama. Vous renseignez votre clé dans Settings > Copilot, vous choisissez un modèle par défaut, et c’est prêt.

Ce que j’utilise le plus :

• @ pour ajouter une note à la conversation : « résume @meeting-notes et liste les actions à faire ».
• Sélectionner du texte, clic droit, et le réécrire, le raccourcir ou le traduire sur place. Pratique, puisque j’écris en anglais et en français.
• Le mode Vault QA pour poser des questions sur tout le vault : « qu’est-ce que j’avais décidé pour la configuration du serveur ? »

Un point dont on ne parle pas assez : Vault QA fonctionne en indexant vos notes avec un modèle d’embeddings. Si ce modèle est dans le cloud, tout votre vault y est envoyé. Pour des notes privées, faites pointer les embeddings vers un modèle local dans Ollama, et rien ne quitte votre machine.

L’IA sur le vault : les agents

C’est la partie que Notion n’aurait jamais pu m’offrir.

Comme mon vault n’est qu’un dossier de fichiers Markdown dans un dépôt Git, je peux l’ouvrir avec un agent de code comme Claude Code, exactement comme j’ouvre un projet Rails. L’agent peut lire chaque note, chercher dans toutes, en créer de nouvelles, réorganiser les dossiers et corriger les liens. Il ne discute plus de mes notes, il travaille dessus.

Quelques éléments font que ça marche bien.

Un CLAUDE.md à la racine du vault. Les agents lisent ce fichier en premier. Je m’en sers pour expliquer l’organisation du vault : quel dossier contient quoi, les champs de frontmatter que j’utilise, comment je nomme mes fichiers, et ce à quoi l’agent ne doit jamais toucher. Voyez-le comme le contrat entre vous et l’agent. Plus il est clair, moins l’agent devine.

Git comme filet de sécurité. Laisser une IA modifier vos notes paraît risqué, jusqu’à ce qu’on se rappelle que tout est versionné. Je relis le diff avant de commiter, exactement comme une pull request. Si un changement ne me plaît pas, git restore et il disparaît. C’est vraiment ce qui me permet de donner aux agents un accès en écriture sans stress.

La CLI officielle d’Obsidian. Depuis la version 1.12, Obsidian fournit un outil en ligne de commande (Settings > General > Command line interface). Il permet aux agents d’utiliser les fonctionnalités d’Obsidian elles-mêmes, au lieu de seulement lire les fichiers bruts :

obsidian search query="server setup"
obsidian backlinks
obsidian daily:append content="- [ ] Renew domain"
obsidian tasks daily

Attention, elle pilote l’application en cours d’exécution, donc Obsidian doit être ouvert. Le gros avantage, ce sont des choses comme déplacer une note avec obsidian move, qui met à jour tous les liens qui pointent vers elle, ce qu’un simple mv casserait.

Ce que j’en fais concrètement : transformer un brain dump en vrac en notes propres, relier des notes liées que j’avais oubliées, ajouter le frontmatter manquant sur tout un dossier, et générer un résumé hebdomadaire à partir de mes notes quotidiennes. Des petites corvées que je ne ferais jamais à la main.

Les autres plugins que j’ai gardés

• Bases : les vues base de données intégrées à Obsidian. On sélectionne des notes par dossier ou par tag, on affiche leurs propriétés en colonnes, on trie et on filtre. C’est ce qui se rapproche le plus des bases de données Notion, sans plugin ni langage de requête.
• Dataview : pour les quelques vues qui demandent plus de logique que ce que Bases permet.
• Kanban : des tableaux stockés en Markdown. J’en utilise un pour suivre mes articles de blog, versionné avec Git comme le reste.
• Excalidraw : des schémas stockés dans le vault. Parfait pour les croquis d’architecture.
• LanguageTool : grammaire et orthographe dans plusieurs langues.

Est-ce que ça valait le coup ?

Oui. Mes notes sont des fichiers texte qui m’appartiennent, sauvegardés avec tout leur historique, disponibles sur tous mes appareils. Et parce que ce sont des fichiers texte, n’importe quel outil d’IA peut travailler avec : un panneau de chat quand je veux une réponse rapide, un agent quand je veux du vrai travail, un modèle local quand le contenu est privé.

Si vous pensez à changer, essayez pendant une semaine avec un petit dossier de notes. Ajoutez Git dès le premier jour. Vous verrez vite pourquoi on ne revient pas en arrière.